A Sexta Cruzada (1228-1229) foi iniciada em 1227 pelo imperador do Sacro Império, Frederico II de Hohenstaufen, que havia sido excomungado pelo Papa.
Frederico, que era genro de João de Brienne e herdeiro do trono de Jerusalém, tinha a intenção de reivindicar seus direitos sobre Chipre e Jerusalém-Acre. Após a partida de sua frota, o imperador recebeu uma missão de paz do sultão do Egito, o que atrasou seu avanço. Posteriormente, o papa Gregório IX o excomungou por sua demora em iniciar a campanha.
No verão de 1228, após muitas indecisões, Frederico finalmente partiu para o Oriente com o objetivo de se livrar da excomunhão papal. Embora ele preferisse o diálogo e fosse fascinado pela cultura islâmica, a igreja lhe impôs uma cruzada. O papa, ao mesmo tempo, lançou outra cruzada, desta vez contra Frederico, e atacou as possessões do imperador na Península Itálica. Seus esforços em Chipre e Acre foram infrutíferos, principalmente por causa da sua excomunhão.
O exército de Frederico II, composto por cavaleiros teutônicos, foi enfraquecendo devido a deserções e a uma certa hostilidade das forças cristãs locais, também devido à excomunhão. Aproveitando as disputas entre os sultões do Egito e de Damasco, Frederico II conseguiu negociar um tratado com o Egito por meio da diplomacia. O Tratado de Jafa (1229) garantiu a Jerusalém Belém, Nazaré, Sidom, e um acesso ao mar, além de uma trégua de dez anos. Em troca, os cristãos reconheceram a liberdade de culto para os muçulmanos. Este acordo levou o Papa a excomungar Frederico II novamente.
Frederico foi coroado rei de Jerusalém, mas devido aos ataques da Igreja e ao receio de perder seus tronos na Germânia e Nápoles, ele retornou à Europa. Em 1230, reestabeleceu relações com Roma. No entanto, a derrota dos cristãos em Gaza em 1244 resultou na perda dos Santos Lugares.
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